Pada awal penubuhan, JAIN yang dikenali sebagai Jabatan Adat Istiadat, Ugama dan Kebajikan Masyarakat telah ditempatkan di Pejabat Besar, Bangunan Setiausaha Kerajaan (sekarang dikenali sebagai Bangunan Sekretariat).
Bangunan Sekretariat yang terletak di Bandar Seri Begawan Namun dalam tahun 1963, satu cadangan telah dibuat untuk membina sebuah bangunan baru bagi Jabatan Majlis-Majlis Mesyuarat Negara dan Jabatan Adat Istiadat Negara, serta diteruskan dengan pembinaan Lapau Diraja bagi menggantikan Lapau Lama yang tidak dapat menampung keperluan dalam berbagai majlis, baik dari segi tempat duduk yang beristiadat kenegaraan dan sebagainya.
Pejabat JAIN ditempatkan di bawah Lapau Diraja (1968 – 2009)
Cadangan dan idea pembinaan reka bentuk bangunan tersebut diilhamkan oleh Al-Marhum Sultan Haji Omar ‘Ali Saifuddien Khairi Waddien ibni Al-Marhum Sultan Muhammad Jamalul Alam II. Segala reka bentuk dihalusi oleh Arkitek Booty Edwards dan Rakan-Rakan. Kerja-kerja awal pembinaan Bangunan Lapau bermula pada Ogos 1965 di kawasan Kampong Kianggeh dan siap dibina pada tahun 1968. Dengan siap Bangunan Lapau, JAIN pun berpindah ke sana buat sementara dan menempati tingkat bawah bangunan tersebut.
Pada akhir tahun 2009, JAIN telah mempunyai bangunan kekal yang di dirikan berdekatan dengan Bangunan Lapau. Bangunan baru ini adalah atas ikhtiar dan inisiatif Yang Di-Pertua Adat Istiadat Negara, Yang Amat Mulia Pengiran Lela Cheteria Sahibun Najabah Pengiran Anak Haji Abdul Aziz bin Pengiran Jaya Negara Pengiran Haji Abu Bakar. Jabatan Adat Istiadat Negara (JAIN) berpindah secara rasmi ke bangunan kekal JAIN pada hari rabu, 3 Rejab 1413 bersamaan dengan 16 Jun 2010.
Perpindahan JAIN ke bangunan baru bersebelahan Lapau DirajaBangunan kekal JAIN sekarang Bangunan setinggi dua tingkat yang terletak di pusat bandar berdekatan dengan Bangunan Lapau mula dibina pada pertengahan bulan Ogos 2008 dan siap pada akhir tahun 2009. Bahagian bawah bangunan menempatkan Bahagian Pentadbiran, Bahagian Protokol ditempatkan di tingkat satu dan tingkat dua pula adalah Bahagian Pemberigaan.
Dengan adanya bangunan baru setentunya akan dapat membantu menjadikan JAIN sebagai pusat nara sumber mengenai Adat Istiadat bagi khalayak dan masayrakat di negara ini. Keluasan bangunan baru berbanding bangunan lama memberikan keselesaan kepada pegawai dan kakitangan jabatan yang bertugas. Usaha sedemikian adalah salah satu ikhtiar untuk memajukan jabatan yang sudah sedia ada.